O Conselho Superior tem a seguinte competência:

Art. 12. Ao Conselho Superior, órgão colegiado deliberativo da CAPES, compete:

I - estabelecer prioridades e linhas orientadoras das atividades da entidade, a partir de proposta apresentada pelo Presidente da CAPES;

II - apreciar a proposta do Plano Nacional de Pós-Graduação, para encaminhamento ao Ministro de Estado da Educação;

III - subsidiar a elaboração do Plano Nacional de Educação - PNE com propostas relativas às finalidades da CAPES;

IV - apreciar critérios, prioridades e procedimentos para a concessão de bolsas de estudo e auxílios;

V - aprovar a programação anual da CAPES;

VI - aprovar a proposta orçamentária da CAPES;

VII - aprovar o relatório anual de atividades da CAPES;

VIII - aprovar a proposta de nomeação do titular da Auditoria Interna;

IX - apreciar propostas referentes a alterações do estatuto e do regimento interno da CAPES;

X - apreciar processos encaminhados pelo Conselho Nacional de Educação - CNE; e

XI - definir o processo e critérios de escolha dos coordenadores das áreas de avaliação de que trata o § 2o do art. 3o e encaminhar ao Presidente suas indicações por meio de listas tríplices.

Membros natos

• JORGE ALMEIDA GUIMARÃES
  Presidente da CAPES
• AMARO HENRIQUE PESSOA LINS
  Secretário de Educação Superior
• ROMEU CAPUTO
  Secretária de Educação Básica
• GLAUCIUS OLIVA
  Presidente do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq
• GLAUCO ANTONIO TRUZZI ARBIX
  Presidente da Financiadora de Estudos e Projetos - FINEP
• EMBAIXADOR BENEDICTO FONSECA FILHO
  Diretor-Geral do Departamento de Cooperação Científica, Técnica e Tecnológica do Ministério das Relações Exteriores
• CARLOS EDILSON DE ALMEIDA MANESCHY
  Presidente da Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior – ANDIFES

Membros designados

Representantes do Setor Acadêmico

• ADALBERTO FAZZIO
  
• ARLINDO PHILIPPI JUNIOR
  
• JOÃO FERNANDO GOMES DE OLIVEIRA
• NAOMAR MONTEIRO DE ALMEIDA FILHO
  
• LUIZ DAVIDOVICH
  
• OTAVIO GUILHERME CARDOSO ALVES VELHO
  
• WANDERLEY DE SOUZA
  

Representantes do setor empresarial

• ROBSON BRAGA DE ANDRADE
  
• PAULO ANTONIO SKAF
  

Representante do FOPROP

• PAULO CESAR DUQUE ESTRADA

Representante da ANPG

• JOUHANNA DO CARMO MENEGAZ
  

Representante do CTC-ES

• RITA DE CÁSSIA BARRADAS BARATA

Representante do CTC da Educação Básica

• LUIZ FERNANDES DOURADO