O Conselho Superior tem a seguinte competência:

• Estabelecer prioridades e linhas gerais orientadoras das atividades da entidade, a partir de proposta apresentada pelo Presidente da CAPES;
• Apreciar a proposta do Plano Nacional de Pós-Graduação, para em seguida ser encaminhada ao Ministro;
• Apreciar critérios, prioridades e procedimentos para a concessão de bolsas de estudos e auxílios;
• Aprovar o relatório anual das atividades da CAPES e a respectiva execução orçamentária;
• Definir o processo de indicação dos Coordenadores das Comissões de Consultores Científicos;
• Apreciar propostas referentes a alterações do Estatuto e do Regimento Interno da CAPES.

Membros natos

• JORGE ALMEIDA GUIMARÃES
  Presidente da CAPES
• AMARO HENRIQUE PESSOA LINS
  Secretário de Educação Superior
• ANTONIO CESAR RUSSI CALLEGARI
  Secretária de Educação Básica
• GLAUCIUS OLIVA
  Presidente do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq
• GLAUCO ANTONIO TRUZZI ARBIX
  Presidente da Financiadora de Estudos e Projetos - FINEP
• EMBAIXADOR BENEDICTO FONSECA FILHO
  Diretor-Geral do Departamento de Cooperação Científica, Técnica e Tecnológica do Ministério das Relações Exteriores
• JOÃO LUIZ MARTINS
  Presidente da Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior – ANDIFES

Membros designados

Representantes do Setor Acadêmico

• ADALBERTO FAZZIO
  
• ARLINDO PHILIPPI JUNIOR
  
• JOÃO FERNANDO GOMES DE OLIVEIRA
• NAOMAR MONTEIRO DE ALMEIDA FILHO
  
• LUIZ DAVIDOVICH
  
• OTAVIO GUILHERME CARDOSO ALVES VELHO
  
• WANDERLEY DE SOUZA
  

Representantes do setor empresarial

• ROBSON BRAGA DE ANDRADE
  
• PAULO ANTONIO SKAF
  

Representante do FOPROP

• HÉLIO LEÃES HEY

Representante da ANPG

• ELISANGELA LIZARDO DE OLIVEIRA
  

Representante do CTC-ES

• RITA DE CÁSSIA BARRADAS BARATA

Representante do CTC da Educação Básica

• LUIZ FERNANDES DOURADO